Найпопулярнішими туристичними маршрутами в Міконосі вважаються піші прогулянки Маленькою Венецією з обов'язковим відвідуванням прибережних кафе та таверн, огляд комплексу старовинних церков біля фортеці Кастро та вітряків. Поруч із портом знаходиться візантійська церква Богородиці Парапортіані, працюють Археологічний та Етнографічний музеї.
На Міконосі є й інші колоритні місця. Наприклад, будинок капітана Ніколаоса Малухоса, в якому зібрано колекцію Музею народної творчості, Двері Міконоса (дві 3,5-метрові вежі), 19-метровий маяк, зведений наприкінці ХІХ ст.
Неподалік селища Ано-Мера знаходиться чоловічий монастир Туроської Богородиці 18 століття з музеєм церковних реліквій. Дуже цікавий археологічний район розташований у районі села Делос, куди можна поїхати на екскурсію зі столиці острова.
Відвідування маяка стане чудовим завершенням екскурсійної програми Міконосом. Тільки постарайтеся спланувати її так, що потрапити в цю точку маршруту на заході сонця - видовище приголомшливе.
У столиці надзвичайно багато церков, а всього на острові їх більше 350.
